在日常的税务处理过程中，企业经常会遇到需要开具红字发票的情况，尤其是在发生退货、开票错误或服务取消等情形时。而当购买方已经对原发票进行了增值税专用发票的抵扣操作后，如何在防伪税控开票系统中正确开具红字发票申请单，就成为了一个关键问题。

首先，需要明确的是，红字发票的开具必须基于一定的原因，并且必须经过严格的审批流程。对于购买方已经抵扣的情况，通常需要由销售方通过“增值税发票管理系统”向主管税务机关提交红字发票信息表，经审核通过后，方可进行红字发票的开具操作。

以下是具体的操作步骤：

1. 登录系统

销售方应使用自己的防伪税控开票系统账号登录，进入“红字发票申请”模块。

2. 填写申请单

在系统中选择“红字发票申请单”，根据实际情况填写相关信息，包括原发票代码、号码、金额、税额等内容。同时，需注明开具红字发票的原因，如“退货”、“开票错误”等。

3. 上传资料

根据系统提示，上传相关的证明材料，例如购销合同、退货协议、情况说明等，以证明红字发票开具的合理性与合法性。

4. 提交审核

完成信息填写和资料上传后，将申请单提交至主管税务机关进行审核。税务机关会对申请内容进行核查，确认无误后予以批准。

5. 生成红字发票

一旦申请通过，销售方可以在系统中根据批准的信息生成红字发票，并完成相应的开票操作。

需要注意的是，在整个过程中，务必确保所有信息的真实性和准确性，避免因信息错误导致的税务风险。此外，红字发票的开具应遵循相关法律法规，不得用于虚开发票或其他违规行为。

总之，对于购买方已抵扣的发票，开具红字发票申请单是一项严谨的税务操作。企业应严格按照规定流程执行，确保合规性，同时也要注意保存好相关凭证，以备日后查验。